Dalam perspektif filosofis, semua hal yang ada di dunia ini memiliki aspek fisika (fisik) dan metafisika (metafisik). Demikian pula agama memiliki dua aspek tersebut. Syariat merupakan bentuk fisik dari agama, sedangkan bentuk metafisikanya ada dalam hakekat dari syariat agama. Seseorang hendaknya mengetahui fisik atau syariat yang merupakan tata caranya merncapai spiritual. Sedangkan metafisik atau hakekat sebagai bentuk pencapaian spiritualnya. Filsafat bukan mebicarakan fisik dari segala yang ada, melainkan membicarakan metafisika atau sesuatu yang ada dibalik keadaan fisik.
Ajaran Siti Syeh Jenar lebih memberikan tekanan pada filsafat ketuhanan dan filsafat kebenaran dengan kata lain bukan lagi berhenti pada tataran syariat, tetapi telah melangkah pada tataran yang lebih tinggi yakni hakekat. Hal itu berbeda dengan ajaran yang disampaikan para wali, yang lebih mengedepankan syariat. Meskipun demikian ajaran Syeh Siti jenar yang mengutamakan filsafat ketuhanan dan kebenaran mengarah kepada ajaran Islam yang umumnya disebut sebagai ilmu tasawuf. Ajarannya mengutamakan pentingnya pengolahan kalbu (istilah Gusti MN IV; sembah kalbu/cipta) dengan implementasi pada ibadah-ibadah bersifat lahiriah.
Syeh Siti Jenar mengajarkan tentang falsafah kebenaran dan berusaha merumuskannya ke dalam bentuk kearifan dan kebijaksanaan. Sehingga menciptakan suatu hukum-hukum dalam bertindak (akhlak). Di situlah muncul kesan penyimpangan ajaran Syeh Siti Jenar jika dipandang dari perspektif penganut ajaran yang lebih mengutamakan syariat baku atau bagi yang memahami Qur’an dan Hadits secara tekstual. Terlepas dari munculnya kesan di atas, ajaran Syeh memang banyak menyangkut perilaku manusia dalam kehidupan sehari-hari. Pandangannya mengandung nilai metafisik mengenai baik-buruk, dan salah-benar.
